Nach der "Gewinnung" des Wachses im Sonnenwachs- oder Dampfwachsschmelzer muss das Wachs für die weitere Verwendung noch gereinigt werden. Das Rohwachs enthält je nach Ursprung noch Verunreinigungen der Jungfernhäutchen bei Brutwaben oder Reste von Bienen und Drohnen. Die Verunreinigungen werden durch mechanische Filterung und anschließende Klärung (langsame Abkühlung mit Phasentrennung) erzielt. Hierzu muss das Rohwachs jedoch zunächst mit Wasser (Regenwasser oder demineralisiertem Wasser) aufgekocht werden.

Das heiße Wasser-Wachsgemisch wird zunächst durch ein Grobsieb und ein Feinsieb gefiltert. Als Grobsieb eignet sich einfaches Fliegengitter, als Feinsieb eine alte Nylonstrumpfhose, welche über den Klärbehälter gespannt wird. Der Klärbehälter ist idealerweise ein leicht konischer Eimer. Bei der anschließenden Abkühlung trennt sich das Wachs vom Wasser, wasserlösliche Fremdstoffe wandern nach unten, das Bienenwachs klärt sich selbst. Dass diese Klärung möglichst effizient durchgeführt wird, muss der Klärbehälter gut "gedämmt" werden, also z.B. in eine Styroporbox gestellt und in Decken (auch eine alte Rettungsdecke eignet sich hier gut) eingepackt werden, daß sich das Wachs ganz langsam abkühlt. Je länger die Abkühlungsphase dauert, desto effektiver die Reinigung.

Bei der Erhitzung des Wachses muss darauf geachtet werden, dass der Topf keine offenen Eisenoberflächen aufweist, da das Wachs sonst schwarz wird. Verzinkte Töpfe eigenen sich ebenfalls nicht. Enthält das zugesetzte Wasser Kalk, "reagiert" das heiße Wachs mit dem Kalk und es entsteht Seife. Profis verwenden also Edelstahltöpfe, der Anfänger kann auch auf alte Emailtöpfe zurückgreifen. Flohmärkte sind hier wahre Fundgruben. Mit Wasser kann das Wachs dabei maximal 100 Grad heiß werden.

Nach der ersten Reinigung muss das Wachs trocknen. Anschließend (nach ca. 3 Monaten) wird der Wachsblock erneut erhitzt, allerdings ohne Wasser. Dabei erhotzt man das Wacha auf 150-170 Grad Celsius und kocht dieses für mindestens 30 Minuten. Dabei schäumt das Wachs auf (gosser Topf nötig). Eine Zersetzung des Wachses findet erst bei 300 Grad Celsius statt. Dieser Reinigungsschritt dient zur "Entseuchung". Alle Krankheitserreger und Sporen, die im Wachs enthalten sind, werden so abgetötet. Die Temperaturmessung erfolgt heute mit entsprechenden Laserthermometern.